首に二つの瘤があり、その様子が植物の瓢箪の実の形に似る。学名「エクウス　コーリククルビータエ」は「瓢箪の首の馬」の意のラテン語。和名の「瓢箪駒」もこれに準じる。　たてがみは頭頂部のみで、首の瘤の部分および背中には生えない。体色はベージュまたは淡いオリーブ色で瓢箪の色に酷似する。　後腸(盲腸、結腸)内に、微生物と酵母菌を共生させており、取り入れた糖質をアルコールにしてエネルギー保存できる。このウマの体温は平均41度と高く、糖質の発酵にも都合が良いため、体内の血中アルコール濃度が他の生物よりも著しく高い。糖分の高い食物、果物などを好んで食べ、体内に栄養が満たされている状態ほど瘤の膨らみは顕著になる。　この馬の乳は、馬乳酒に変わる過程で色が変化し、桜の花のような色になる。馬肉が桜肉と呼ばれるのと同様に桜酒と呼ばれ縁起物とされる。　走る姿はスキップする様であり、性格も陽気で人に懐くので、祭事には大変向いているが、戦やレースには向かないため、掛け合わされる事も無く、ほぼ原種のまま現在に至る。　また、植物から育つと言われるスキタイの羊と同様に、酒好きが瓢箪を相手に毎日晩酌しながら大切に育てると、この馬が生まれるという民話がある。